形成阴茎短小的原因是多种多样的，有先天的因素，也有后天的因素，遗传基因的影响较为根本，常见原因如下：

　　1.遗传因素

　　阴茎与身体其他器官一样，其大小及形态特点要受遗传基因的控制与影响。

　　2.发育与营养状况

　　一般来说，成年男性体格健壮，身材高大，其外生殖器包括阴茎、阴囊的发育也较好，阴茎可能较为粗大;反之，则可能相对小一些。但需要提醒的是，阴茎的大小并不与身高成正比例。

　　3.肥胖

　　特别是一些耻骨联合部、会阴部脂肪丰满突出的男性，往往阴茎的发育欠佳，比起正常男性的阴茎会相对短小，而且患者自己目视自己的阴茎困难，更加认为自己阴茎小。

　　4.其他

　　患有睾丸炎、隐睾症、睾丸发育不全等症及内分泌不平衡，雄性激素不足，都可能造成阴茎短小。